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Trois nouveaux cas du variant anglais ont été confirmés : Au cœur de la riposte contre le Sars-cov-2

04 mars 2021 à 11 h 07 min

Trois cas contacts de l’un des premiers porteurs du variant britannique détecté la semaine dernière par l’Institut Pasteur d’Algérie, à savoir l’infirmière exerçant à l’hôpital psychiatrique de Chéraga, ont été testés positifs à ce variant. Ces trois cas font partie de l’entourage proche de l’infirmière, avons-nous appris de source médicale.

C’est une équipe jeune, dynamique et engagée qui nous a accueillis hier à l’Institut Pasteur d’Algérie (IPA), à l’annexe de Sidi Fredj, au cœur de la riposte contre le coronavirus en Algérie. C’est cette même équipe du département de virologie qui a diagnostiqué les premiers cas de Covid-19 en février 2020. Depuis cette date, elle travaille sans relâche, jour et nuit, pour la confirmation du plus grand nombre de cas de l’infection.

Ce département regroupe huit laboratoires et un centre de prélèvement. Il s’agit des laboratoires VIH et rétrovirus ; de la grippe et autres virus respiratoires ; des entérovirus ; des arbovirus ; oncogenèse virale ; des virus rougeole, oreillon, rubéoles ; des herpès/Papillomavirus et autres. Tous ces laboratoires, ressources humaines et matériels ont été mobilisés pour renforcer les capacités du diagnostic du SARS-CoV-2 dans le cadre de la stratégie de lutte contre le nouveau coronavirus lancée par la direction générale du l’IPA.

«Le laboratoire de la grippe et virus respiratoires a analysé à lui seul plus de 200 000 prélèvements pour le diagnostic de la Covid-19 depuis l’apparition du premier cas en Algérie», signale le Pr Salima Bouzghoub, chef de département de virologie, lors d’une journée d’information, organisée hier au sein du département, sur le processus du séquençage génomique au niveau de son laboratoire, en rappelant que le Centre national de référence de la grippe et autres virus respiratoires était le seul laboratoire du pays ayant la capacité de faire le diagnostic Covid-19.

Avec l’évolution de la pandémie, 84 laboratoires, dont 35 du secteur public et 48 privés, répartis à travers toutes les wilayas, ont été validés pour le diagnostic par le CNR. «Des kits PCR et tests antigéniques de différentes marques ont été également validés par nos équipes, ainsi que les kits de prélèvement.»

Outre le diagnostic, le Centre a également initié des travaux et des activités scientifiques durant l’épidémie, dont l’enquête séro-épidémiologique sur le Sars-Cov-2 avec l’EHS d’El Kettar et le CHU de Blida, dont les résultats sont en cours de rédaction, séminaires, formation à distance, rédaction de fiche technique, fascicule, notamment sur les modalités de prélèvement, transport des matières infectieuses et pratiques de sécurité biologique au laboratoire, sans oublier de rappeler les principales activités de recherche sur les virus respiratoires, notamment le virus de la grippe saisonnière.

Des cas de variant une année après l’apparition de la Covid-19

Une année, jour pour jour, depuis la confirmation des premiers cas de Covid-19, deux cas de mutation, notamment du variant britannique, ont été détectés le 19 février dernier. Cinq autres cas suspects sont en cours d’analyse, a déclaré le Pr Salima Bouzghoub. Et de préciser que «L’IPA a une expérience dans le séquençage des souches virales avec le séquençage de la polio sauvage, le VIH et autres, et depuis l’acquisition en 2009 du séquenceur au sein de ce laboratoire de référence, nous travaillons sur le VIH et l’hépatite B, le virus de la grippe et maintenant sur le Sars-Cov-2», une réponse à ceux qui doutent encore des compétences de ces équipes.

Le Pr Bouzghoub signale que l’IPA procède au séquençage du virus de la grippe et transmet annuellement les données sur la plateforme internationale Nextsrain. Elle signale que le département sera bientôt doté des dernières technologies en matière de séquençage Oxford Nanopore Technologie, en collaboration avec National Institut of Health (Etats-Unis), l’Institut Pasteur de Paris et John Hopinks Hospital (Etats-Unis).

Revenant sur la surveillance des trois variants au niveau mondial, le Pr Bouzghoub et son équipe ont expliqué qu’un travail d’investigation et de surveillance est en cours sur toutes les PCR positives douteuses.

Visite guidée

Pour mieux comprendre le processus de séquençage, la cheffe de département de virologie a organisé une visite guidée au profit des journalistes présents. Des explications ont été fournies sur les méthodes utilisées, et de préciser que «le séquençage est une activité lourde, car il nécessite des compétences en biologie moléculaire, soit un personnel qualifié et un équipement adapté. Actuellement, ce processus prend entre trois à cinq jours pour avoir les résultats définitifs des mutations, lesquelles sont identifiées à travers plusieurs étapes», a-t-elle ajouté. Et de signaler que «depuis le début de cette activité, il y a quelque mois, nous avons injecté 22 séquences sur la plateforme internationale GiSaid», en précisant que «le séquençage n’est pas un simple test de routine. Ce n’est pas toutes les PCR positives qui seront soumises au séquençage».

Le laboratoire P3 hautement sécurisé, où les virus sont isolés, est l’un des précieux laboratoire du département de virologie de Sidi Fredj. «C’est ici que les virus sont isolés», nous explique l’équipe lors de notre visite. Un structure elle-même isolée au sein de ce bâtiment, conçu en double cloison et double vitrage, dont l’accès est codé. A travers un grande vitre, deux grandes hottes en aluminium occupent tout l’espace.

Une autre salle fermée, appelée «salle noire», fait face à la mini-salle de séquençage. Deux personnes au maximum peuvent s’y installer. Un appareil à l’allure d’une imprimante rattaché à un ordinateur est installé sur une table.

«C’est le séquenceur. Il permet de déterminer l’ordre d’enchaînement des fragments d’ADN qui subissent au préalable des manipulations», nous détaille-t-on, tout en précisant que c’est à ce niveau que les mutations sont identifiées.

Un gadget de la taille d’une souris d’un PC est également branché au laptop, qui affiche les résultats des séquençages, et le second séquenceur avec une haute technologie. Une visite qui nous a permis de plonger dans le monde de la biologie moléculaire, loin des tubes à essai et des pipettes ou l’étude des virus, dont l’interprétation se fait à travers des lignes en forme de courbes.


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