Ces deux étapes, Néma (Mauritanie)-Tombouctou (Mali) et Tombouctou-Néma, étaient prévues les 16 et 17 janvier, et devaient traverser une zone à risques entre l’est de la Mauritanie et le nord du Mali. La 10e étape sera remplacée par une étape en boucle Néma-Néma, comprenant un secteur chronométré de 376 kilomètres, le 16 janvier. Le 17 janvier, les concurrents profiteront d’une demi-journée de repos, puis prendront la route pour une liaison d’environ 280 km vers Ayoun-El-Atrous (Mauritanie), où sera donné le départ de l’étape du 18 janvier en remplacement de Néma, en direction de Kayes, où devraient avoir lieu finalement les retrouvailles de l’épreuve avec le Mali. Les organisateurs du rallye affirment dans leur communiqué qu’ils « se sont engagés à suivre les recommandations du ministère », et qu’ils « ont donc décidé d’annuler les deux étapes Néma-Tombouctou et Tombouctou-Néma ». Le 13 novembre, les services secrets français avaient prévenu le gouvernement français de menaces du Groupe salafiste pour la prédication et le combat (GSPC) sur le rallye-raid Dakar 2007 (ex-Paris-Dakar), suggérant une modification du tracé en Mauritanie et au Mali. Ils avaient confirmé à l’AFP qu’ils avaient suggéré la suppression de l’étape aller-retour entre Néma et Tombouctou dans la zone sahélienne où, selon ses sources, le GSPC circulerait. Le ministère français des Affaires étrangères avait reconnu le lendemain qu’une partie du parcours du rallye-raid Dakar 2007 (ex-Paris-Dakar) était prévue dans des zones à la sécurité « incertaine ». Selon les services secrets français, ce groupe compte 500 hommes armés, dont 400 en Algérie et une centaine se déplaçant dans la zone sahélienne entre la Mauritanie, le Mali et le Niger. Cette modification du circuit intervient à un mois d’un communiqué des organisateurs du rallye, où ils affirment que « les informations officielles fournies par le ministère des Affaires étrangères français, d’une part, et par les autorités des pays concernés, d’autre part, ne suggèrent en aucun cas l’annulation ou la modification d’une ou de plusieurs étapes ». Par ailleurs, les organisateurs n’ont pas répondu aux appels du Front Polisario qui a assuré qu’il n’a, en aucun cas, autorisé le passage du Dakar 2007 à travers les territoires du Sahara occidental, ni même avoir eu des contacts avec les organisateurs de cette compétition. Ces derniers, selon la position sahraouie officielle, ont été « trompés par les autorités marocaines », puisque toutes « les expéditions organisées en concertation avec les autorités marocaines sont illégales et visent uniquement à légitimer l’occupation illégale marocaine du Sahara occidental, internationalement reconnu comme territoire non autonome qui attend toujours d’être décolonisé ».